在双汇因为瘦肉精事件深陷泥潭的时候，有人说双汇将死，雨润将扛起中国良心肉的大旗。但是在瘦肉精事件爆发的这段时间里，以“良心肉、放心肉”立足于世的雨润并没有显得更有“良心”。 2011年1月，雨润集团渭南生秦公司一批问题猪肉，在查扣之后又被放行流入市场。数月之后，渭南雨润“问题肉”事件被曝光，经检查问题肉有病变淋巴、脓包等问题;5月，雨润火腿因被怀疑掺过期肉被厨师揭发，雨润公司欲以一万元私了;昨天，北京雨润肉类加工有限公司生产的“雨润”牌老北京烤鸭又被查出菌落术超标而被停售，按照规定菌落总数应≤50000，雨润烤鸭的实测值达到了65万。
菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及其卫生质量，它反映食品在生产加工过程中是否符合卫生要求，以便对被检食品作出适当的卫生学评价。菌落总数的多少标志着食品卫生质量的优劣。人如果进食菌落总数超标的食品，容易引起肠胃不适、腹泻等症状。
雨润“问题肉”事件
据《华商报》报道，2011年1月18日，陕西渭南市澄城县商务局稽查大队将千余公斤冷鲜肉送至肉联厂进行检查，发现肉品三腺未摘除干净，部分肉品要进行无害化处理。生秦公司的齐姓领导在问询中对此表示承认。按照规定，要处以5万-10万元罚款。
三腺即甲状腺、肾上腺和病变淋巴结，由于其中含有大量的内分泌激素和病原微生物，人食用后可引起头晕、头痛、烦躁、气短、四肢酸痛、疲乏无力、腹痛、恶心及呕吐等症状;有些人还可出现皮疹、水疱、下肢水肿、手指震颤等症状。
然而，在当天下午5时许，澄城县商务局在没有作出任何处罚和扣留的情况下，将载有上千公斤“问题肉”的冷藏车放行，据了解，生秦公司一名负责人曾对此事致电渭南市商务局一领导。
报道称，放行后的冷藏车将该批冷鲜肉送往了山西河津卸货，随后，陕西韩城的一名王姓代理商，当晚从河津提取173公斤鲜二级A等带皮白条、20公斤鲜猪肋排，后在韩城市场销售。
该事件发生后，生秦公司的配送车辆不再向大荔、蒲城、澄城、韩城这条线路配送冷鲜肉。代理商就自己前往渭南提货。按照相关规定，冷鲜肉必须在0-4℃的运输条件下运输，而不具备运输条件的代理商通常是开着自己的没有冷藏功能的厢式货车到渭南提货。
报道援引代理商党某的话称，这些“问题肉”只能整袋销售，肉品含有大量的淋巴，有的淋巴因病变已变黑，而有的肉品上布满了红点及脓包。因为价格相对便宜，多数销售给了个体的包子店、饺子馆。他称，自己曾经退了几块“问题猪肉”，但生秦公司给的结论是“恶意退货”，他与另一代理商王先生在退货时都被罚款。
7月2日，陕西省政府督办组及渭南市联合调查组，带领公安、商务、畜牧等部门人员及从延安等地抽调的3位专家，前往澄城县、韩城市对雨润“问题肉”进行现场检验。
经过专家13个小时左右的努力，7月2日晚11时30分许，终于对雨润“问题肉”作出初步结论，本报所报道的“问题肉”中，的确有病变淋巴、脓包等问题。
雨润“过期肉”事件
据人民网报道，5月19日中午，合肥一家5星级酒店向媒体反映，该酒店在采购的雨润牌方火腿中，发现了包装塑料膜和金属卡扣。该火腿的外包装上印着马鞍山雨润食品有限公司制造，生产日期是2011年4月8日。
据该酒店的厨师长李成林介绍，“在将方火腿切片加工的过程中，发现刀子卡住切不动，仔细一看，这块方火腿中夹杂着包装塑料膜和两个金属卡扣”。厨师长随即将情况反映到酒店采购部。
酒店采购部与雨润公司的经销商联系之后，雨润公司区域经理何晓宇和城市经理严辉一同前往酒店查看了该问题火腿并拍下照片发往公司总部。他们对产品出现这种情况表示抱歉，提出赔偿酒店2000元现金或者等值的产品，但被酒店方拒绝。
