为方便广大人民群众计算赔偿数额，也便于法官办案。《指导意见》对医疗事故损害赔偿数额计算办法给予了明确。
一 医疗费按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用（不包括原发病医疗费用）计算，凭据赔偿，计算公式：医疗费用×医方责任程度。结案后确实需要继续治疗的，按照基本医疗费用赔偿，计算公式：续医费×医方责任程度。
二 患者有固定收入的，误工费按照本人因误工减少的固定收入计算，对收入高于医疗事故发生地上一年度职工年平均3倍以上的，按照3倍计算赔偿，计算公式：减少的固定收入×医方责任程度。无固定收入的，误工费按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算赔偿，计算公式：年平均工资÷365天×应赔偿天数×医方责任程度。
三 住院伙食补助费按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准计算赔偿，计算公式：每天伙食补助费×应赔偿天数×医方责任程度。
四 患者住院期间需要专人陪护的，陪护费按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算赔偿，计算公式：年平均工资÷365×应赔偿天数×医方责任程度。
五 残疾生活补助费根据伤残等级，按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，自定残之月起最长赔偿30年；但是60周岁以上的，不超过15 年；70周岁以上的，不超过5年。具体计算公式是：平均生活费×赔偿年限×赔偿系数×医方责任程度。各医疗事故等级的赔偿系数按如下方式确定：
一级乙等的赔偿系数为100％，二级甲等的赔偿系数为90％，二级乙等的赔偿系数为80％，二级丙等的赔偿系数为70％，二级丁等的赔偿系数为 60％，三级甲等的赔偿系数为50％，三级乙等的赔偿系数为40％，三级丙等的赔偿系数为30％，三级丁等的赔偿系数为20％，三级戊等的赔偿系数为 10％。
六 因残疾需要配置补偿功能器具的，残疾用具费凭医疗机构证明，按照普及型器具的费用计算赔偿，计算公式：残疾用具费×医方责任程度。
七 丧葬费按照医疗事故发生地规定的丧葬补助标准计算赔偿，计算公式：丧葬费补助标准×医方责任程度。
八 被扶养人生活费以死者生前或者残疾者丧失劳动能力前实际扶养且没有劳动能力的人为限，按照其户籍所在地或者居所地居民最低生活保障标准计算。对不满１６周岁的，扶养到１６周岁。对年满１６周岁但无劳动能力的，扶养２０年；但是，６０周岁以上的，不超过１５年；７０周岁以上的，不超过５年。计算公式：户籍所在地或者居所地居民每月最低生活保障标准×应赔偿月数×医方责任程度。
九 交通费按照患者实际必需的交通费用计算，凭据赔偿，计算公式：交通费×医方责任程度。
十 住宿费按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差住宿补助标准计算，凭据赔偿，计算公式：住宿费×医方责任程度。
十一 精神损害抚慰金按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年；造成患者残疾的，赔偿年限最长不超过3年。计算公式：精神损害抚慰金×医方责任程度。
十二 参加医疗事故处理的患者近亲属、参加丧葬活动的患者的配偶和直系亲属所需交通费、误工费、住宿费，均参照本办法第二、九、十条的有关规定计算赔偿，计算费用的人数不超过2人。