根据最高人民法院执行死刑的命令，石家庄市中级人民法院于11月24日对“三鹿”刑事犯罪案犯张玉军、耿金平执行死刑。
河北省石家庄市中级人民法院于2009年1月21日作出刑事判决，认定被告人张玉军犯以危险方法危害公共安全罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；认定被告人耿金平犯生产、销售有毒食品罪，判处死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。宣判后，张玉军、耿金平提出上诉。河北省高级人民法院经依法开庭审理，于2009年3月26日裁定驳回张玉军、耿金平上诉，维持原判，并依法报请最高人民法院核准。
最高人民法院经复核确认，2007年7月，被告人张玉军在明知三聚氰胺是化工产品、不能供人食用，人一旦食用会对身体健康、生命安全造成严重损害的情况下，以三聚氰胺和麦芽糊精为原料，配制出专供在原奶中添加、以提高原奶蛋白检测含量的含有三聚氰胺的混合物(俗称“蛋白粉”)，并雇用工人大批量生产。至2008年8月，累计生产“蛋白粉”770余吨，累计销售600余吨。
在此期间，张玉军生产、销售的“蛋白粉”又经人分销到石家庄、唐山、邢台、张家口等地的奶厅(站)，被某些奶厅(站)经营者添加到原奶中，销售给石家庄三鹿集团股份有限公司(下称“三鹿集团”)等奶制品生产企业。
最高人民法院认为，被告人张玉军的行为构成以危险方法危害公共安全罪。张玉军犯罪情节极为严重，犯罪手段极其恶劣，社会危害性极大，应依法惩处。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。审判程序合法。依照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十九条和《最高人民法院关于复核死刑案件若干问题的规定》第二条第一款的规定，最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以危险方法危害公共安全罪判处被告人张玉军死刑，剥夺政治权利终身的刑事裁定。
最高人民法院经复核确认：被告人耿金平在河北省正定县南楼乡东宿村经营正定县金河奶源基地，从事鲜奶收购和销售。为牟取非法利益，耿金平多次购买“ 蛋白粉”，并在明知该混合物为非食品原料、不能供人食用的情况下，多次将含有三聚氰胺的该混合物添加到其收购的90余万公斤原奶中，销售到三鹿集团等处。
最高人民法院认为，被告人耿金平的行为已构成生产、销售有毒食品罪。耿金平在共同犯罪中系主犯，犯罪情节、后果均特别严重，亦无法定、酌定从轻的情节。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。审判程序合法。依照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十九条和《最高人民法院关于复核死刑案件若干问题的规定》第二条第一款的规定，最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以生产、销售有毒食品罪判处被告人耿金平死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人财产的刑事裁定。