第一代国产的马自达6，与发动机搭配的是4速手自一体变速器和5速手动变速器。整体而言，第一代马自达6与基本保持了海外版的原汁原味。2006年第一代马自达6改款，更换了全新的6速手动变速箱和5速自动变速箱，同时也正式将马自达6Wagon（旅行版）和掀背版国产，动力上马自达6旅行版在国内搭载了2.3L发动机配备5速手自一体变速器。
第二代马自达6与2.0L、2.5L发动机搭配的依然是6速手动和5速手自一体变速器，这也与海外版车型保持一致，然而在2006年一汽轿车以第一代马自达6平台为设计基础，推出的了一汽奔腾B70，现在已经用上了6挡手自一体变速箱。
与第三代马自达6车型2.0L、2.5L发动机搭载的变速箱有两款，分别是手动变速器（SKYACTIV-MT）以及自动变速器（SKYACTIV-DRIVE），2.0L普通版及2.0L高功版可以选择手动变速器与自动变速器，而2.5L发动机只搭载自动变速器。
——手动变速器（SKYACTIV-MT）
结构轻量化
尽管自动挡的普及率越来越高，马自达依然没有忘记把手动变速器也归入到SKYACTIV技术中。与发动机等方面的改进一样，SKYACTIV-MT变速器的改进也重点放在变速器结构的轻量化上面，SKYACTIV-MT除了重量减小，尺寸也更为紧凑，变速器的手感也更佳，能给驾驶者更好的驾驶感受。
——自动变速器（SKYACTIV-DRIVE）
优化液力变矩器内的锁止离合器
大家知道，AT变速器的动力损耗主要就在那个传递动力同时缓冲换挡冲击的液力变矩器上面，而要解决这部分的损耗，目前通行的办法就是在液力变矩器里面再加一个锁止离合器，最通俗的说，就是液力变矩器相当于两组风扇，而锁止离合器就相当于一些螺栓把两组风扇固定在一起——也就是说当换挡完成之后，锁定液力变矩器，这个时候相当于发动机和变速器齿轮组是硬连接，其传动效率可以与手动变速器相当。
马自达不但优化了液力变矩器内部的锁止离合器，同时还尽可能扩大了离合器锁止的工况范围，这样一来，AT车型的油耗自然也就和手动挡并驾齐驱，甚至有的比手动挡车型还低了。
除开以液力变矩器和行星齿轮组为核心的AT变速器之外，SKYACTIV-DRIVE也有CVT无级变速器和DCT双离合变速器的类型，这两种变速器的平顺性和经济性从目前应用的情况看，也是相当不错的，比如日本本土版的马自达2（日本国内称为Demio），就已经采用了SKYACTIV-DRIVE系列的CVT无级变速器，平顺的动力传输加上较高的传动效率，很适合马自达2这样的小车。
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